وی همچنین نوشت: تا روز قبل از انتخابات تصور نزدیکان و جریان سیاسی متبوع خاتمی رای ندادن بود. او پس از تعیین شروط برای شرکت در رقابت های انتخاباتی و پاسخ منفی نظام سیاسی، در خصوص انتخابات موضع گیری منفی کرد. این سمت گیری نقش زیادی در سیاست اعلام شده عدم شرکت در انتخابات توسط برخی از گروه های اصلاح طلب چون جبهه مشارکت، سازمان مجاهدین انقلاب و مجمع روحانیون مبارز داشت.
رادیو زمانه می افزاید: همه جریان های حاکمیت متفق القول هستند که رای دادن خاتمی ناکافی است و تنها می تواند آغازی برای جبران کامل خطاها باشد. بدیهی است این جبران به معنای مرزبندی آشکار و طرد علنی رفتار میرحسین موسوی و مهدی کروبی است. امری که خاتمی علی رغم روشن کردن تمایزش تاکنون به آن اقدام نکرده و بعید است که در آینده نیز انجام دهد.
رای دادن خاتمی شکاف وی با رهبران نمادین جنبش سبز را بیشتر کرد که منجر به ریزش پایگاه اجتماعی خاتمی نیز شده است. به هر حال هزینه ای که نظام برای بازگشت خاتمی به میدان مجاز سیاست طلب می کند فراتر از رای دادن یواشکی وی در انتخابات مجلس نهم است.
اما ملیحه محمدی از اعضای خارج نشین گروهک منحله فدائیان خلق معتقد است اقدام خاتمی اقدام درستی بود. وی در روز آن لاین نوشت: وقتی از فردای دوم خرداد بخشی از اپوزیسیون دائماً او را به عدم قاطعیت و ضعف متهم می کرد، من نگران بودم و بارها این نگرانی را گفتم و نوشتم که قاطعیت بیشتر خاتمی سرانجامی جز «بنی صدری» شدن او نخواهد داشت و نه سودی برای جنبش. واقعیت این است که ما به رئیس دیگری در تبعید نیاز نداریم. آنچه کم داریم حضور مدافعان در نزدیکی و حول و حوش حکومت است.
وی اقدام خاتمی در کنار رفتن و انداختن شال نامزدی به گردن موسوی را «گوشه عافیت گزیدن» توصیف کرد و درباره رأی دادن خاتمی در انتخابات مجلس نوشت: گفته اند چرا در یک نقطه دور و بدون اطلاع قبلی رأی داد؟ به باور من او نمی خواست بخشی از بدنه اصلاح طلبی به تبعیت از او از اعتراض منطقی خود دست بردارد. شرکت تک نفره خاتمی که یک عدد بیشتر نیفزود، در مقابل نقشه ناسالم قطع هر نقطه تماس با حاکمیت ایستاد.
با این وجود «جرس» (ارگان حلقه ماسونی لندن) ارزیابی دیگری دارد و می نویسد: قصه خاتمی و آن رأیی که در صندوق انتخابات افکند، یکی از همان بزنگاه هایی است که می تواند اندوخته سالهای دور را به مخاطره افکند. عمل او ظاهراً یک رأی دادن ساده بود اما مزین شدن همین عمل با ماه ها شرط گذاری برای حاکمیت، نشان از گفتمان سردرگمی دارد.
جرس نوشت: اینکه شرط گذاری برای حکومت تا چه حد بخردانه بوده، اینکه عدم ارائه لیست و عدم برپایی ستادهای انتخاباتی و ایجاد فضای بحث و گفتگو پس از 3 سال اختناق، ولو به قیمت رد صلاحیت تمامی کاندیداها و کناره گیری از انتخابات، تا چه حد تصمیمی درست بوده، موضوع بحث این نوشته نیست. عمل خاتمی، پیش از آنکه نشانگر اتخاذ سیاستی روشن از سوی اصلاح طلبان باشد، مبین انفعال و سردرگمی بود. دهها سؤالی که پس از این عمل، به دست خاتمی رسید، یا پاسخی نیافت و یا با ناامید کننده ترین جوابها مواجه گشت؛ اینکه چرا خاتمی، به جای شرط گذاری برای حکومت، به فضای انتخابات ورود نکرد؟ اینکه چرا پس از شرط گذاری برای حکومت و عدم پاسخ گیری، با عدم مشارکت در روز انتخابات، اعتراض خود را نشان نداد؟ اینکه کدام مصلحت وی را متقاعد به رای دادن ساخته؟ اینکه چرا به استناد همان مصلحتی که وی را مجبور به رای دادن کرده، مخفیانه و در یک شعبه دور افتاده به رای دادن مبادرت ورزیده؟...
این سایت وابسته به کدیور و مهاجرانی، اقدام خاتمی را «علامت ترس که باعث ریزش شدید و یأس و ناامیدی نیروهای جنبش سبز خواهد شد» توصیف کرد.
رادیو - سایت کوچه نیز در این زمینه معتقد است: خاتمی یعنی انسان سیاست سوز. 8 سال اصلاحات نصفه نیمه و ناقص او چیزی جز تشدید اقتدارگرایی در ساختار جمهوری اسلامی نبود. خاتمی یکی از دلایل شکست اصلاح طلبان بود. به نظر می رسد او هدف را گم کرده است.
نویسنده این تحلیل ادامه می دهد: تعیین شرط برای ورود به انتخابات، آن هم در شرایطی که حاکمیت از لزوم توبه کردن فتنه گران برای بازگشت به حکومت دم می زد و طبیعتاً برآورده نشدن و حتی بی اعتنایی به این شروط و با این وجود شرکت در انتخابات و آن گاه متوسل شدن به تعبیر و تفسیر و حتی دروغ گویی جهت بخشیدن وجهه ای اخلاقی به عملکرد خود، اثری جز کاهش اعتبار و تقلیل پایگاه خاتمی نداشته و در یک کلام چیزی جز خودزنی و خودسوزی سیاسی نبود. خاتمی در اوج قدرت خود هم نتوانست حاکمیت را به کوتاه آمدن وا دارد. اکنون که دیگر نه تنها قدرت سیاسی اش را از دست داده بلکه پایگاه اجتماعی اش هم با گرفتن چنین تصمیمات و عملکرد نسنجیده ای روز به روز در حال کاهش است.
پایگاه اینترنتی میهن وابسته به علی کشتگر (از اعضای مرکزیت گروهک فدائیان خلق) نیز در این باره تأکید کرده است: توضیحات خاتمی با چند روز تأخیر جوی از نا امیدی و دو دستگی را در میان مخالفان ایجاد کرد. او هنوز به دنبال راه حل برای امتیاز دادن به حاکمیت برای برون رفت از مصائب سه سال گذشته است.
گروه های اپوزیسیون اگرچه از شرکت خاتمی در انتخاباتی که خود تحریم کرده بود، ضربه سختی دریافت کرده اند ولی این گروه ها در تمامیت خود حقیرتر از آنند که در محاسبات خاتمی جایی داشته باشند. نکته درخور توجه در اظهارات خاتمی و بیانیه ای که در همین زمینه صادر کرده بود، اصرار وی بر اعتقاد به نظام است و این در حالی است که خاتمی در جریان فتنه 88 آشکارا، در یک جبهه آمریکایی- اسرائیلی به جنگ نظام و مردم آمده و دست به جنایت بزرگی زده بود و هم پیمانان وی همگی از دشمنان تابلودار نظام و اسلام و انقلاب بوده اند. بنابراین خاتمی به یقین می داند که وقتی بر باور خود به نظام اسلامی اصرار می ورزد، آتش خشم گروه های اپوزیسیون و سرویس های اطلاعاتی بیگانه یعنی هم پیمانان خویش در فتنه 88 را علیه خود تیزتر می کند و سؤال این است که چرا؟! آیا خاتمی به فحاشی گروه های اپوزیسیون نیاز دارد تا از این طریق اقدام خود را، خیلی بیشتر و بزرگتر از آنچه هست جلوه دهد؟! گفتنی است خاتمی با اقدام اخیر خود اگرچه به طور تلویحی، ابراز ندامت خویش از جنایاتی که مرتکب شده بود را اعلام می کند و این گام را می توان مثبت تلقی کرد، ولی او بدهی بسیار بزرگ و انبوهی به ملت ایران دارد و برای تسویه این بدهی کلان- اگر قابل تسویه باشد- گام های ناپیموده و فراوان دیگری در پیش دارد تا از این رهگذر به تخفیف نزدیک شود اما ظاهرا دریافته است که در آن سوی دیگر، جز سقوطی سهمگین تر از گذشته، خبری نیست.