علی مطهری بار دیگر دست‌به‌قلم شد، این بار خطاب نامه‌اش امام‌جمعه مشهد است تا بار دیگر اسم وی در صدر صفحات سیاسی روزنامه‌های اصلاحات باشد؛ روزنامه شرق در صفحه سیاسی خود این‌گونه از نامه نماینده تهران در بهارستان روایت کرده است «مطهری در نامه به علم‌الهدی نوشته که «بهتر است حامی و پشتیبان منطقی و دوست دانای ولایت‌فقیه باشیم و ناخودآگاه به این اصل مترقی و حیات آفرین ضربه نزنیم» او در بخشی دیگری از نامه‌ای که در روز گذشته منتشر کرد، تأکید کرد «دوستان و هواداران شما در مشهد متأسفانه در نقل سخنان من در دانشگاه فردوسی تقوا و انصاف را رعایت نکردند، گاهی سؤال و جواب را مخلوط کردند، حتی در انتشار فایل صوتی این نقایص وجود داشت...» نماینده تهران در ارتباط با سخنان علم‌الهدی به برخی حرف‌های او استناد کرده «اینکه فرموده‌اید کسی حق ندارد نظر مخالف خود را در مقابل نظر رهبری قرار دهد» (نقل به مضمون) گذشته از این‌که این سخن با سیره پیغمبر اسلام و علی علیه‌السلام سازگار نیست و امیرالمؤمنین در بیان حقوق و وظایف متقابل حاکم و رعیت، از ضرورت نصیحت حاکم توسط مردم در علن و خفا سخن گفته‌اند (النصیحه فی المشهد و المغیب) با سیره و نظر رهبر انقلاب نیز همخوانی ندارد. ایشان در دیدار با دانشجویان در جلسه پرسش و پاسخ دانشجویان دانشگاه صنعتی امیرکبیر 22 اسفند 1379 فرمودند «این‌که گفتند از رهبری انتقاد نمی‌کنند، شما بروید بگویید انتقاد کنند. ما که نگفتیم از ماکسی انتقاد نکند، ما که حرفی نداریم، من از انتقاد استقبال می‌کنم» البته بدیهی است که بیان انتقاد باید با حفظ جایگاه و احترام ولی‌فقیه باشد.»