شورای گروه علوم سیاسی و روابط بین الملل دانشگاه شهید بهشتی پس از معرفی حسین فریدون توسط سازمان سنجش، با اکثریت آرا به جد با این مسئله مخالفت و این موضوع را به سازمان سنجش اعلام می‌کند. 

امّا حسین فریدون دست از پیگیری برنداشته و به همین دلیل مجدداً بعد از مدتی سازمان سنجش نامه‌ای به دانشگاه شهید بهشتی نوشته و می‌گوید حسین فریدون یک سال قبل در آزمون دانشگاه گیلان امتحان داده و قبول شده اما برای مصاحبه نرفته است، در صورتی که دانشگاه شهید بهشتی تمایل داشته باشد وی در این دانشگاه به تحصیل دکترا بپردازد.

مسئولان دانشگاه شهید بهشتی نیز پس از پیگیری‌های سازمان سنجش نهایتاً تصمیم‌ می‌گیرند فریدون در "پردیس دانشگاه شهید بهشتی" به تحصیل بپردازد.

نکته دیگر آن است که حتی اگر فرضاً حسین فریدون در دانشگاه گیلان پذیرفته شده باشد، اساساً توصیه سازمان سنجش به دانشگاه شهید بهشتی برای پذیرفتن فردی که در دانشگاه با تراز پایین‌تر قبول شده، امری عجیب است.

فریدون هم‌اینک در مرحله پایان نامه قرار دارد، ولی اساتید دانشگاه شهید بهشتی از پذیرفتن استاد راهنمایی وی خودداری می‌کنند. تنها فردی که حاضر به پذیرش این امر شده، محمود سریع‌القلم مشاور غیررسمی حاشیه‌ساز رئیس‌جمهور است؛ با این حال شورای گروه علوم سیاسی و روابط بین الملل دانشگاه شهید بهشتی بر مبنای قانون و به این دلیل که سریع‌القلم بناست چند وقت دیگر در قالب یک طرح مطالعاتی به خارج از کشور سفر کند، با استاد راهنما شدن وی برای حسین فریدون مخالفت کرده است.

بدین ترتیب، حسین فریدون که با توصیه سازمان سنجش به دانشگاه شهید بهشتی تحمیل شده است، هم‌اینک در مرحله پایان نامه خود با مشکل بسیاری روبرو شده و اساتید دانشگاه از پذیرش مسئولیت استاد راهنمایی وی خودداری می‌کنند.

پس از ماجرای رسوایی فیش‌های نجومی، این دومین مسئله جدی برای حسین فریدون طی چند ماه اخیر است. در ماجرای فیش‌های حقوقی نجومی نیز مشخص شد برخی مدیران بانکی دارنده حقوق‌های کلان، علیرغم مخالفتهای جدی نهادهای نظارتی، به توصیه حسین فریدون به عنوان مدیرعامل بانک منصوب شده‌ بودند.  صدقی،‌مدیرعامل معزول بانک رفاه از جمله افرادی بود که با فشار فریدون منصوب شد.

علی رستگار سرخه‌ای مدیرعامل معزول بانک ملت نیز از جمله دوستان و همشهریان دیرین حسین فریدون است که به دلیل تخلفات مهم در بانک ملت برکنار شد. وی نیز با فشار فریدون به این سمت منصوب شده بود. ماجرای فسادهای بانکی دوستان فریدون توسط دستگاه قضایی در حال پیگیری است.