مراجع تقلید، هر چند به خاطر برخی از برجستگی‏های فقهی، اخلاقی و اجتماعی نسبت به سایر فقهاء از اولویت برخوردار می‏باشند، اما "مرجعیت " آنان را نباید شرط لازم برای امامت مسلمین محسوب کرد. 

در مورد جایگاه مرجعیت و رابطه آن با ولایت فقیه نکات ذیل حائز اهمیت است: 

اول؛ آن که فقاهت به معنای توانایی استنباط احکام اولیه شرعی از منابع و متون دینی، امر مشترکی است که هم در مرجعیت و هم در قضاوت و هم در زعامت و سرپرستی جامعه مورد نیاز است بدین معنا که تصدی این سه شأن مهم، تنها از سوی فقها مورد قبول است و دیگران با وجود فقهای صالح، حق تصدی این شؤون را ندارند. 

نکته مهم این است که فقاهت در همه این شئون متفاوت به یک معناست و این گونه نیست که ما برای مرجعیت، به گونه‏ای فقاهت نیازمند باشیم و در امر رهبری به گونه‏ای دیگر از فقاهت، در واقع ما یک فقیه داریم که اجازه پذیرش همه شئون ذکر شده را دارد. بدین معنی که اگر از فقیهی، فتوا طلب کنیم، مرجع تقلید خواهیم داشت و اگر امر قضاوت را به او بسپاریم، به قاضی تبدیل می‏شود و اگر از او زعامت و سرپرستی جامعه را بخواهیم، به ولی‏فقیه خواهیم رسید. بنابراین، اطاعت از ولی‏فقیه با همان ادله‏ای به اثبات می‏رسد که رجوع به مراجع تقلید. 

دوم؛ آن که فقاهت و عدالت، شرط مشترک و مقدماتی تصدی مرجعیت، قضاوت و زعامت است یعنی فقاهت شرط لازم است اما کافی نیست. افزون بر آن متصدی هر کدام از مسئولیت‏های فوق به داشتن ویژگی‏های دیگری نیز متناسب با خصوصیات آن مسؤولیت نیازمند است. در این میان، ولایت و سرپرستی جامعه مسؤولیت پیچیده‏تر و سنگین‏تری است، پس دارای ویژگی‏های مهم‏تر و بیشتری است به گونه‏ای که ممکن است در هر زمان تعداد انگشت‏شماری از فقهای عادل را بتوان یافت که واجد آن شرایط باشند.

 سوم؛ آن که مرجعیت یک شأن اجتماعی است نه یک شأن علمی و فقهی جدا و بالاتر از فقاهت در واقع بسیاری از فقها راضی به پذیرش این شأن اجتماعی نیستند و ضمن آنکه صلاحیت مرجعیت را دارا هستند ترجیح می‏دهند که این مسئولیت را بر دوش نگیرند اما برخی از فقها نیز این مسئولیت را می‏پذیرند و مرجع تقلید می‏شوند. بنابراین نباید تصور کرد که هر فقیهی که مرجع تقلید می‏شود لزوما از دیگر فقهایی که این شأن را نمی‏پذیرند، برتر و عالم‏تر است. البته مرجع تقلید باید فقیه اعلم باشد، اما اعلمیت منحصر در مراجع تقلید نیست، و فقهای همطراز با مراجع از نظر علمی و فقاهتی کم نیستند. 

چهارم؛ آن که بخش اصلی و اساسی تکالیف یک فرد مؤمن در جامعه دینی را ولی‏فقیه تعیین می‏کنند چرا که عمده مسائل اجتماعی، قضایی و حقوقی، اقتصادی و مالی، تعلیم و تربیت، سیاست داخلی و خارجی و... را باید در حوزه حکم حکومتی تعیین تکلیف کرد که به ولی‏فقیه مربوط است و مراجع تقلید درباقی قضایا که عمدتا شامل ابواب عبادی و فردی فقه می‏شود، می‏توانند برای مقلدان خود فتوا بدهند. در این میان اگر تعارض میان حکم فقیه حاکم و فتوای مرجع تقلید پدید آید به نظر عموم فقها، باید حکم فقیه حاکم را مقدم داشت.

 بنابر اساس مطالب فوق، مشخص می‏شود که مراجع تقلید، هر چند به خاطر برخی از برجستگی‏های فقهی، اخلاقی و اجتماعی نسبت به سایر فقهاء از اولویت برخوردار می‏باشند، اما "مرجعیت " آنان را نباید شرط لازم برای امامت مسلمین محسوب کرد؛ چنان که در متون و منابع اسلامی چنین موضوعی به هیچ وجه از شرایط رهبری ذکر نشده است. (صورت مشروح مذاکرات شورای بازنگری قانون اساسی، انتشارات مجلس شورای اسلامی، 1369، ج 1، ص 181). 

وانگهی، تجربه نشان داده است که برخی از مراجع تقلید که از مراتب علمی و تقوایی برتر نسبت به دیگران برخوردارند، یا نسبت به مسایل سیاسی التفاتی از خود نشان نمی‏دهند و یا آنکه از این جهات، از توانایی‏های مورد انتظار جامعه برخوردار نمی‏باشند، همچنانکه در بین علمای متأخّر به جز امام خمینی(ره) سایر مراجع بزرگِ تقلید چندان درگیر اشتغالات فکری فقهی نسبت به مدیریت سیاسی نبوده‏اند. اما اگر قرار بر این باشد (بر اساس ادله نقلی و عقلی متعدد) که فقها رهبری جامعه مسلمین را بر عهده داشته باشند، داشتن شرایط مدیریت و تدبیر سیاسی برای اداره‏ی امور جامعه ضروری و اجتناب‏ناپذیر به شمار می‏آید.

 البته چنین نیست که اعضاء خبرگان قانون اساسی در زمان تصویب اصل یکصد و نهم مصوّب 1358 (که از جمله شرایط رهبری را "صلاحیت علمی... لازم برای افتاء و مرجعیت " مقرر داشته بود) به این مهم توجه نداشته باشند، بلکه بر عکس منظور آنها از قید مرجعیت صرف مرجعیت بالفعل و بدون در نظر گرفتن سایر شرایط بسیار مهم و اساسی رهبر، نبود لذا مشاهده می‏کنیم به دلیل برخی سوء برداشت‏هایی و ابهاماتی که این قید بوجود می‏آورد، در بازنگری قانون اساسی، خبرگان شورای یاد شده، به بررسی و نقد احادیث و اخبار پرداخته و به این نتیجه رسیدند که: "اصولاً مرجعیت تقلید یک مسأله... که ملاک شرعی ندارد " (همان، ج 2، ص 647) و "در تعابیر سندی و مدارک ما مسأله مرجع و مرجعیت نیست " (همان، ج 1، ص 181)

 بدین ترتیب بود که به دنبال نامه امام(ره) در مورخ 9/2/1368 خطاب به ریاست شورای بازنگری قانون اساسی و بررسی‏های خبرگان یادشده، "مرجعیت " از حوزه شرایط رهبری خارج و اصول مربوطه اصلاح گردید، در نامه حضرت امام(ره) چنین آمده است: "در مورد رهبری ما که نمی‏توانیم نظام اسلامی‏مان را بدون سرپرست رها کنیم. باید فردی را انتخاب کنیم که از حیثیت اسلامی‏مان درجهان سیاست و نیرنگ دفاع کند. من از ابتدا معتقد بودم و اصرار داشتم که شرط مرجعیت لازم نیست. مجتهد عادل مورد تأیید خبرگان محترم سراسر کشور کفایت می‏کند. اگر مردم به خبرگان رأی دادند تا مجتهد عادلی را برای رهبری حکومتشان تعیین کند، وقتی آنها هم فردی را تعیین کردند تا رهبری را بر عهده بگیرد، قهرا او مورد قبول مردم است؛ در این صورت او ولی منتخب مردم می‏شود و حکمش نافذ است ". (همان، ج 1، ص 58) 

اکنون با توجه به مطالب اساسی فوق نکاتی را به اختصار در خصوص دلایل اعلمیت مقام معظم رهبری در تقلید بیان می‏نماییم:

 اولاً: لازم است تا میان مرجعیت با اجتهاد تفاوت قائل شد زیرا برخلاف مرجعیت و مطالبی که در زمینه عدم اشتراط آن در شرایط رهبری در اسلام گفته شد، اجتهاد (توانایی استنباط احکام از منابع و متون دینی) از اصول بسیار مهم و اساسی این شرایط بوده که هم در منابع و متون اسلامی و هم در نزد قانونگذار مورد تأکید و توجه خاص بوده و می‏باشد. بنابراین آنچه در بازنگری قانون اساسی حذف شد مرجعیت بود نه اجتهاد.

 ثانیا: انتخاب مقام معظم رهبری هر چند بر اساس قانون اساسی قبل از بازنگری (که اصل یکصد و نهم آن متضمن قید مرجعیت بود) صورت پذیرفت، ولی عملی کاملاً قانونی و بر اساس معیارها و ضوابط مشخص شده در قانون اساسی بود. زیرا آنچه که اصول قانون اساسی (قبل از بازنگری) بر آن دلالت داشت صلاحیت و شأن مرجعیت است نه مرجعیت بالفعل. توضیح آنکه در اصل یکصد و هشت قانون اساسی قبلی صلاحیت علمی و تقوایی برای مرجعیت شرط بود نه این که مرجع بالفعل باشد. در اصل پنجم نیز تعبیر مرجعیت نیامده بود: "در زمان غیبت ولی‏عصر(عج) در جمهوری اسلامی ایران، ولایت امر و امامت امت بر عهده فقیه عادل و باتقوا، آگاه به زمان، شجاع، مدیر و مدبّر است که اکثریت مردم او را به رهبری شناخته و پذیرفته باشند. " در این اصل تعبیر "مرجع " نیامده، بلکه تعبیر "فقیه عادل " آمده است. 

در اصل یکصد و نهم شرایط و صفات رهبر یا اعضای شورای رهبری را ذکر می‏کند که در آن هم تعبیر "صلاحیت علمی برای مرجعیت " را دارد. تنها جایی که شبهه مرجعیت بالفعل را به وجود می‏آورد اصل یکصد و هفتم قانون اساسی قبلی بود که در آن لفظ "مرجع " آمده بود. در زمان امام اعضای کمیسیون یک‏صد و هفت که یکی از وظایفش تفسیر قانون اساسی در این گونه موارد است، این موضوع را مورد بررسی قرار دادند که "منظور از مرجع چیست " میزان و ملاک کدام اصل است، که در نتیجه آن اکثریت اعضاء معیار را "صلاحیت مرجعیت " دانستند نه مرجع بالفعل. لذا بعد از ارتحال حضرت امام بنابر این مصوبه و همچنین با استناد به نامه حضرت امام(ره) (مبنی بر عدم لزوم مرجعیت) انتخاب رهبری صورت پذیرفت. (ر.ک: گفتگو با آیت‏الله سیدحسن طاهری خرم‏آبادی، مقررات و عملکرد مجلس خبرگان، فصلنامه حکومت اسلامی، سال سوم، شماره دوم، تابستان 77، صص 133 131)

 ثالثا: اجتهاد مقام معظم رهبری بر اساس دلایل متعددی ثابت می‏باشد که برخی از مهمترین آنها عبارتند از: 

1 اجتهاد ایشان توسط بسیاری از مراجع و بزرگان از جمله حضرت امام(ره) از مدتها قبل از تصدّی مقام رهبری، تصدیق شده بوده است.

 2 همه رساله‏های عملیه نوشته‏اند که اگر دو نفر عادل خبره به اجتهاد کسی شهادت دهند، اجتهاد او قابل قبول است و این در حالی است که جامعه مدرسین حوزه علمیه قم که مرکب از ده‏ها مجتهد مطلق و چندین مرجع تقلید می‏باشد ایشان را به مرجعیت پذیرفته‏اند. بنابراین اجتهاد ایشان امری کاملاً مسلّم می‏باشد.

 3 درس خارج مقام معظم رهبری که در آن بسیاری از فضلا شرکت می‏کردند و همگی به وزانت علمی آن شهادت می‏دهند، دلیل بر بُنیه علمی نیرومند و ملکه اجتهاد ایشان است و این توان علمی مسلما زمینه سابق بر رهبری و حتی سابق بر ریاست جمهوری ایشان دارد، نه این که ایشان پس از رهبری درس خوانده و به این مرتبه از دانش رسیده باشند. (ر.ک: زندگی‏نامه مقام معظم رهبری، مؤسسه فرهنگی قدر ولایت، چاپ ششم، 1379).