سایت جرس تا همین اواخرمشترکا از سوی کدیور و مهاجرانی مدیریت می شد و به خاطر برخی دروغ های کاملاً رو که منتشر کرده و باعث بی اعتباری اپوزیسیون شده، متهم است که در خدمت نهادهای اطلاعاتی جمهوری اسلامی کار می کند.محسن کدیور چند ماه پیش مدعی شده بود شعار مخالفان در روز قدس سال 88، «هم غزه و هم لبنان» بوده و نه شعار «نه غزه، نه لبنان». در این میان اظهارات اخیر مهاجرانی در اذعان به استقلال نظام جمهوری اسلامی و سلامت اقتصادی آیت الله خامنه ای و خانواده ایشان، باعث بدگمانی های بیشتر نسبت به این تیم شده است، به نحوی که برخی گردانندگان جرس مجبور شدند برای رفع اتهام، علیه مهاجرانی موضع بگیرند و مدعی شوند «او لحن ایلیاتی دارد و مجبور نبوده چون نمی تواند دروغ بگوید این سخنان را ادا کند».
جرس ضمن فرار به جلو و برای رفع اتهام از خود، تأکید کرد سیستم اطلاعاتی ایران در میان اپوزیسیون سبز نفوذ کرده است. این پایگاه اینترنتی با اشاره به زیر سؤال رفتن سایت «کلمه» از سوی مخالفان جمهوری اسلامی، متهم کردن گردانندگان این سایت به ارتباط با وزارت اطلاعات را مورد انتقاد قرار داد و نوشت: «مخالفان با این سخنان، در ستون های جنبش تشکیک می کنند». دفاع «جرس» از «کلمه» در حالی است که 70 درصد مطالب این دو سایت دقیقاً یکی است و در واقع توسط یک تیم رسانه ای مشترک تولید می شود. به عبارت دیگر، جرس با زبان بی زبانی خواسته بگوید مارا به عنوان ستون جنبش متهم نکنید.
این سایت اینترنتی در تحلیل خود می نویسد: حاکمیت اکنون حتی احتیاج ندارد برای تشکیک و افتراق میان مخالفان پاچه های شلوار خود را برای خیس نشدن بالا بکشد، که مجریان آن بازیگران حکومت نیستند و اتفاقاً کسانی هستند که یا مستقیم در بدنه مخالفین حضور دارند، یا بی جیره و مواجب حاضرند برای حاکمیت اجرای چنین کاری را بر عهده بگیرند. بحثی در مورد گروه دوم نیست که شرح وظایف مشخصی برای خود قائلند و نتایج مشخصی برای کارشان متصورند، همسنگری خود را با حاکمیت در پوششی زیبا از استدلالات می پیچند که البته مورد مصرفش فقط برای راضی نگاه داشتن خودشان است. ولی دسته اول، گروهی که واقعاً در بدنه مخالفین حضور دارند، ولی مقطعی اسیر بازی اطلاعاتی حاکمیت یا تجمیع ادله نادرست می شوند، کسانی هستند که می توانند نقش تخریب کننده بزرگی بازی کنند. چه می توان کرد؟ می توان بسیار ساده توصیه کرد که عجول نباشند و هوشیار، ولی کیست که معترف باشد که چنین نیست؟ اصلاً موفقیت حداکثری چنین بازی از طرف حاکمیت در این است که با طراحی مکانیسمی پیچیده، هوشیارترین بخش های جنبش را به دام بیندازند و حداکثر ضربه را بزنند.
در حالی که محسن کدیور مخفیانه به گروه موسوم به «شورای هماهنگی سبز» پیوسته، سایت منسوب به وی خواستار به رسمیت شناختن این شورا و سایت هایی نظیر کلمه شده است.
جرس با دفاع از ناشناخته ماندن هویت این شورا در توجیه این امر نوشت: باید توجه داشت که متأسفانه کارکرد چنین شورایی در شرایط فعلی در گرو مخفی ماندن اعضای آن است، مسئله ای که اگر چه به حق به مذاق بسیاری خوش نیاید، ولی اجبار شرایط دلیل برگزیدن آن است.
گفته می شود تردیدهای گروه های اپوزیسیون نسبت به هویت برخی اعضای «شورا»، باعث پنهان کردن نام آنان شده و این در حالی است که افراد یاد شده واقعاً ضد انقلاب هستند نه نفوذی های جمهوری اسلامی.