در وهله نخست با دیدن این بنا، داشتن حیاط مرکزی، استقرار رواق ها در اطراف و فرم کلی شبستان که شمسه هشت پر است و از تداخل دو مربع بوجود می آید، همگی بر داشتن عناصر و اِلمان های معماری ایرانی دلالت دارند؛ ولیکن طراحی و ساخت مناره هایی با مقطع مربع شکل و گنبد رُک هرمی 4 وجهی آیا در معماری ایرانی اسلامی سابقه داشته است یا خیر؟
مناره
انتقادی که به مناره های این بنا وارد می کنند، فراماسونری دانستن آن است که منتقدان شباهت آن را بیشتر به ابلیسک می دانند. قطع به یقین این مناره ها ابلیسک نیستند، چرا که اگر چه ابلیسک دارای پلان مربع شکل است اما در تاج و راس خود از هرمی 4وجهی برخوردار است که در این مناره ها مشاهده نمی شود. اما مشکل این مناره ها از لحاظ مفهوم فرمی چیز دیگری است.
در مفاهیم و مبانی عناصر بصری در فلسفه هنر، بر این امر قائلیم که مربع نماد زمین است و دایره نماد آسمان. اغلب مناره هایی که در ایران و پهنه جهان اسلام مشاهده می شوند با پلان دایره شکل خود قصد دارند که مخاطب خود را به اوج آسمان ها بکشانند و ابلیسک ها با مقطع مربع شکل به زمین گیر کردن و بستن راه انسان به آسمان ها می انجامند. اگر چه در معماری سنتی حتی در مساجد قدیم در اسلام، مناره هایی مربع شکل داشته ایم اما پایه ای مربع داشته اند که به دایره تبدیل می شده است و از مربع با ارتفاع کم شروع شده و به پلان دایره شکل به ارتفاع زیاد ختم می شده است. لذا داشتن چنین مناره هایی با مقطع مربع از این حیث مردود است.
 

در تصویر فوق تمایز فرمی میان ابلیسکی که در نزدیکی مسجد ایاصوفیا در ترکیه ساخته شده با مناره های مسجد مشهود است.

 گنبد
گنبد در معماری ایرانی و اسلامی در بیشتر موارد به صورت گنبد نار است؛ مانند گنبد بقاع متبرکه و آرامگاه های بزرگان دینی. نوع دیگر گنبد، گنبد رُک است که شامل سه نوع است؛ مخروطی، هرمی، اورچین.
اگر فرض کنیم که این گنبد یک گنبد رُک هرمی است، باید درنظر داشت که در معماری اسلامی هیچگاه این گنبدها به صورت هرمی 4وجهی ساخته نشده اند. لذا ساخت چنین گنبدی بر روی شمسه هشت پری که از نمادهای اسلامی است مطرود است.
هرم از اصلی ترین فرم ها در معماری فراماسون ها محسوب می شود؛ اگرچه ما معماران قصد نداریم که فرم هرم را از معماری ایرانی، به این صورت حذف نماییم، اما حتی اگر یک درصد احتمال وجود داشته باشد که گنبد یک مسجد، مخاطبی را به جای دعوت به آسمان ها، به یاد هرم های ماسونی بیاندازد، باید از ساخت آن پرهیز کرد و درعوض، از فرم های متعارف معماری ایرانی و اسلامی که از فیلتر هزاران سال فرهنگ ایرانی و اسلامی عبور کرده اند استفاده نمود.
البته مشکل طرح در ساخت این گنبد تبدیل ساقه آن از مربع به هشت ضلعی است که باید گفت، نمونه های بسیاری در معماری سنتی موجود است که گنبدهایی هرمی با 8 وجه را به زیبایی تمام ساخته اند. مانند گنبد مقبر حاج عبد الصمد در نطنز.

برای اصلاح گنبد مسجد بوستان ولایت نیز این امکان وجود دارد که گنبدی هرمی هشت وجهی را بسادگی جایگزین این گنبد هرمی 4 وجهی نمایند.
وعده مسئولین برای طراحی مساجد تهران بر اساس معماری ایرانی اسلامی
هنوز چند روزی از ابلاغ دستورالعمل تصویب طرح‌های معماری مساجد و اماکن مذهبی در شهرداری تهران از سوی شهردار تهران نمی گذرد و باید منتظر بود تا ماحصل کار شورای تصویب طرح‌های معماری مساجد تهران را دید.
در دستورالعمل ابلاغ‌ شده از سوی شهردار تهران آمده است: با عنایت به رهنمودهای مقام معظم رهبری و برنامه سند طرح جامع شهر تهران درخصوص احیای الگوهای معماری و شهرسازی اسلامی- ایرانی همچنین با توجه به شأن و جایگاه مساجد، ضروری است که شهرداری تهران به‌عنوان الگویی در راستای تحقق اهداف طرح جامع و منویات مقام‌معظم‌رهبری برای شهروندان تهرانی معیار قرار بگیرد.
در پایان لازم به ذکر است که با وجود تاسیس چنین شوراهای نظارتی، مساجدی عجیب و غریب با سبک های غربی و پست مدرن یا فرم های متناقض با کارکرد مسجد، درحال ساخت هستند و تا چنین بناهایی در شهر ساخته می شوند نگرانی عموم مردم از انزوای معماری ایرانی اسلامی توسط بناهای دولتی در جای خود باقی است.