مازیار بهاری که در کتاب خاطراتش هم درباره دخالت مستقیم اعضای سازمان مجاهدین خلق در آشوب مسلحانه 25 خرداد 88 مطالبی نوشته است، امروز به خودنویس گفته است: ما حدود ساعت 7 رسیدیم میدان ازادی که صدای تیر شنیدم و دوربین را آنجا روشن کردم و رفتم نزدیک میدان آزادی و دیدم یک سری دارند سنگ پرتاب میکنند سمت پایگاه بسیج. این را بگویم که وقتی سپاه یا بسیج یک انبار سلاح در منطقهای مسکونی دارند، این یک جنایت است، اما سنگ پرتاب کردن به این مرکز هیچ ربطی به تظاهرات مسالمت آمیز مردم نداشت. و بعدش شروع کردند پرتاب کوکتل مولوتوف به سمت پایگاه. درست کردن کوکتل مولوتوف راحت است، اما شما نیازی به امکانات و آمادگی برای درست کردن آن دارید که درست کنید و آتش بزنید و پرتاب کنید.
وی با ادعای اینکه بسیجیهایی که روی پشت بام ساختمان بودند، بدون توجه به هیچ چیز به سمت مردم تیراندازی کردند، عنوان کرده است: من نمیگویم که همه کسانی که کشته شدند یا حمله کردن متعلق به سازمان مجاهدین بودند، اما شعارهای این گروه مثل «مرگ بر جمهوری اسلامی» شعارهایی نبودند که با ماهیت آن روز نسبتی داشته باشند و مشخص بود که یک سازمان دیگری دخالت دارد. من آن روز حدس زدم سازمان مجاهدین این تحریک را شروع کرده و جمعیت هم تحریک شد و به سمت پایگاه حمله کردند.
به گفته او "فردای آن روز در صحبت با افراد نزدیک به مهندس موسوی، آنها به من گفتند که طرفداران یا اعضای سازمان مجاهدین آن حمله را سازماندهی کرده بودند.
بهاری همچنین گفته است که اگر سازمان مجاهدین خلق از لیست گروههای تروریستی آمریکا خارج شود، برای مخالفان جمهوری اسلامی یک پیام منفی دارد: من فکر میکنم که تبعات منفیاش زیاد است ولی فکر نمیکنم دنیا به آخر برسد. مهم پیامی هست که خروج سازمان مجاهدین خلق از لیست سازمانهای تروریستی ایجاد میکند.
در واکنش به اعتراف بهاری به شرکت فعال گروهک منافقین در آشوب 25 خرداد 88، سایت اینترنتی تلویزیون دولتی آمریکا در گزارشی، مواضع وی را نشانهای بر همکاری او با سازمانهای امنیتی جمهوری اسلامی ارزیابی کرد.
"صدای آمریکا" در گزارش خود تاکید کرد: با خواندن این مطالب، هر آدم عاقلی از خودش سوال میکند که آیا این سخنان، بخشی از اعترافات مازیار بهاری است؟ البته با توجه به سابقه کاری بهاری در ایران و ارتباطش با مسئولان اطلاعاتی، چنین اظهارنظرهایی از طرف وی دور از انتظار نیست.
عناصر اپوزیسیون خارجی از زمانی همدیگر را متهم به "آدم جمهوری اسلامی بودن" می کنند که محمدرضا مدحی با هدایت وزارت اطلاعات چندین ماه سران ضدانقلاب و حتی مقامات ارشد دولت آمریکا را سرکار گذاشت.