آیت الله خامنه ای: نخست وزیری برمی گزینم که حجت شرعی بر من تمام باشد
آیت الله خامنه ای در سفر خود به مشهد، طی سخنانی مهم، سرنخ هایی از پشت پرده ماجرا ها ارائه دادند. در بخشی از این بیانات آمده بود: «دو وظیفه تعیین نخست وزیر و وزیران و نظارت برکار دستگاه های اداری و دولتی کشور از بزرگترین وظایف رئیس جمهور است. رئیس جمهور اگر دید یک نخست وزیر و وزرا و حتی مدیران، کارشان مناسب نیست، از لحاظ قانونی نمی تواند بر دارد. لذا در آغاز کار رئیس جمهور موظف است با دقت با ملاحظه همه جوانب ببیند چه کسانی را در راس امور خواهد گماشت. ... من برای این کار باید حداکثر دقت را بکنم تا حجت شرعی را برای خودم و استدلال الهی را که در مقابل خدا بشود جواب داد، برای خودم تأمین کنم. من با تجربه ای که در این چهارسال دارم که تجربه گرانبها و ارزنده ای است و همه جور افرادی را در این چهارسال و قبل از این چهار سال در رأس مسئولیت های مختلف مشاهده کرده ام، آدم هایی که دیدها و روش های مختلف داشته اند، بعضی ها خودرأی بودند، بعضی ها متکی بر افکار دیگران بودند، بعضی ها از لحاظ تعبد فوق العاده با دقت بودند. همه جور فکر و سلیقه ای را از اول انقلاب تا به حال دیده ام. من از این تجربه باید استفاده کنم و با دقت و ملاحظه جوانب کار انتخاب کنم. و من می توانم اینجا در کنار آستان علی ابن موسی الرضا (علیه السلام) و در حضور شما ملت که یک اسطوره و نمونه ای از ملت ایران هستید، با کمال قاطعیت بگویم که در این انتخاب بزرگ و در این کار حساس و در این انجام بزرگترین تکالیف رئیس جمهور آنچنان عمل خواهم کرد که حجت شرعی برای من تمام باشد.» (روزنامه جمهوری اسلامی9/6/64)
         امام خمینی: آیت الله خامنه ای فردی شریف، صادق، متعهد و روشن بین است
چندی بعد نیز، در سالروز عید سعید غدیرخم، مراسم تنفیذ حکم ریاست جمهوری در جماران برگزارشد. امام خمینی (رضوان الله علیه) در بخشی از این حکم آورده بودند: «بحمد اللَّه تعالى با تأییدات خداوند متعال-جلّ و علا- و دعاى خیر حضرت ولى اللَّه الاعظم -روحى لمقدمه الفداء- چهار سال ریاست جمهورى اسلام با خیر و سلامت و قدرت و عظمت سپرى شد و ... ملت متعهد، با عزمى والا و قدمى ثابت، از پیر نود ساله تا نوجوان تازه بالغ، براى چهارمین بار براى تعیین سرنوشت خویش به سوى صندوق هاى رأى هجوم آورد و یاوه گویان و خیالبافان را بر خود لرزاند و فردى شریف از سلاله پیامبران را براى خدمت به اسلام و ایران و مسلمانان و ملت برگزید و این مسئولیت سنگین را بر عهده کسى گذاشت که چهار سال در این مقام، صادقانه و با تعهد و روشن‏بینى به ملت و اسلام و ایران خدمت نمود؛ و این، پس از خدماتى بود که قبل و بعد از انقلاب انجام داده بود؛ "جَزاهُ اللَّهُ خَیراً".
رئیس جمهور محترم باید توجه داشته باشند که در پیشگاه مقدس حق- جلّ و علا- واقع است و آنچه بر او از خطرات قلبى  و تمایلات سرّى تا اعمال مُعلن [آشکار] و مخفى مى‏گذرد، در حضور حق است و چیزى را نتوان از او- جلّ و علا- پنهان کرد، هر چند از خلق خدا پنهان باشد. و باید توجه نمایند که در مقامى هستند که یک جمله او گاهى مؤمنى را ساقط کرده و متعهدى را از بین مى‏برد، و یا غیر صالحى را به مقامى که شایسته آن نیست مى‏رساند؛ گاهى یک سخنرانى او، جمهورى اسلامى و کشور را نور مى‏بخشد و گاهى بعکس. مقام خطیر است و خطر بزرگ، به خدا باید پناه برد و از او استمداد کرد. همه دست‏اندرکاران- بویژه رئیس جمهور- باید از چاپلوسان دغلباز و زبان بازان حیله‏گر بر حذر باشند و مشاوران خود را از اشخاص سابقه‏دار که تعهدشان قبل از انقلاب مشهود بوده است، انتخاب کنند. بسا که منحرفان و منافقان، خود را با ظاهرى آراسته به تقوا جا بزنند و با دست ما به اسلام و کشور اسلامى صدمه زنند.» (صحیفه امام، جلد19، صفحه369)

انتقاد آیت الله خامنه ای از دولت موسوی در مراسم تنفیذ
پس از قرائت حکم، رئیس جمهور به سخنرانی پرداخت. آقای هاشمی رفسنجانی درباره آن روز می نویسد:«آیت الله خامنه ای در اظهاراتشان از نقاط ضعف عملکرد دولت با کنایه یاد کردند.» (امید و دلواپسی، کارنامه و خاطرات سال1364هاشمی رفسنجانی، صفحه240)
در بخشی از سخنان آیت الله خامنه ای آمده بود: «ریشه مشکلات امروز ما وابستگی اقتصادی به خارج از این مرزها ومنحصر بودن درآمد ما به درآمد حاصل از نفت است. فقدان یک برنامه همه جانبه اقتصادی و گرایش به دولت سالاری یکی دیگر از مشکلات ماست که نتایج این مشکلات را در کاهش رشد اقتصادی و گاهی در رشد منفی اقتصادی مشاهده می کنیم. باید در زمینه اقتصادی برنامه ریزی مستقل از نفت انجام بگیرد. گرایش به افزایش تولید داخلی به وجود آید و شدت پیدا کند و استفاده از سرمایه ابتکار و مدیریت و همکاری مردم جدی گرفته شود.» (همانجا)

تأکید مجدد بر حق رئیس جمهور در انتخاب نخست وزیر
آیت الله خامنه ای که همه شمشیرهای جناح چپ را برای اجبارشان در معرفی مجدد موسوی از رو بسته می دیدند، در مراسم تحلیف در مجلس شورای اسلامی نیز مجدداً بر اختیارات رئیس جمهور در این امر تأکید کرده و گفتند: «این سوگند یک سوگند شرعی است و یک سوگند جدّی است و صرف تشریفات نیست. خود قانون اساسی ابزارهای لازم برای عمل به این سوگند را مشخص کرده که اگر آن ابزارها باشند، عمل به این سوگند امکان پذیر است و الّا نه. و مهم ترین آن ابزارها چیزی است که در اصل 124 و 133 [اصول مربوط به تعیین نخست وزیر و وزرا توسط رئیس جمهور] ذکر شده است. در صورتی که رئیس‌جمهور این ابزارها را در اختیار داشته باشد، خواهد توانست به این سوگند عمل کند وگرنه این سوگند، حکم فقهی‌اش برای فقها روشن است.... من یک طلبه کوچک و یکی از شاگردان امام عزیز و بزرگوار هستم و هیچ ادعایی ندارم. اما با این ابزارها می توانم و این قدرت را دارم که این مسئولیت را انجام دهم.» (روزنامه کیهان18/7/64)

آقای هاشمی: موسوی به آیت الله خامنه ای تحمیل شد
گرچه عدم تمایل آیت الله خامنه ای به انتخاب مجدد موسوی واضح بود اما به هر حال به خاطر کارشکنی ها و بدعت هایی که جناح چپ موجود در سه قوه انجام دادند (از جمله نامه به امام و یا گفتن این نکته به امام که در صورت رفتن موسوی، جبهه ها از نظر روحی تضعیف می شوند) آیت الله خامنه ای پس از فراز و نشیب های فراوان مجبور شدند تا به خاطر مصلحت نظام و در راستای تبعیت از ولی فقیه، با اکراه تمام مجدداً میرحسین موسوی را جهت نخست وزیری به مجلس معرفی نمایند.
چگونگی و روند این امر (که در دل خود ماجراهایی نظیر 99 نفر را آفرید) خود مثنوی هفتاد من کاغذ می طلبد و به امید خدا در آینده به صورت جداگانه و مفصّل به آن خواهیم پرداخت.
اما به عنوان خاتمه، می توان برخی از علل این معرفی را خلاصه وار، در مصاحبه آقای هاشمی رفسنجانی با روزنامه کیهان ملاحظه است:
«س:آیت الله خامنه ای در دوره دوم ریاست جمهوری شان نمی خواستند آقای موسوی را مطرح کنند تا این مشکل از ریشه حل شود. این را توضیح بفرمایید.
ج: همین طور است. ایشان او را قبول نداشتند و خیلی صریح هم می گفتند که قبول ندارم. ... این بحث مفصل است. ایشان می دیدند که توافق ندارند. تقریباً بر ایشان تحمیل شد.
س: یعنی حمایت حضرت امام از آقای موسوی باعث چنین کاری شد؟
ج: امام هم روی ملاحظاتی می گفتند آقای موسوی باشد.
س: ملاحظات حضرت امام را بفرمایید.
ج: از داخل مجلس جمع زیادی نامه می نوشتند و در بیرون هم این گونه منعکس می کردند. حتی افرادی از جبهه نامه نوشتند که جبهه آسیب می بیند. دوستانی که بعداً مجمع روحانیون شدند، در اطراف امام بودند. عوامل زیادی دست اندرکار بود. آیت الله خامنه ای هم تسلیم امام بودند و اگر امام نظر صریحی می دادند، ایشان تکلیفی برای خودشان قائل نبودند و می پذیرفتند. در این قضیه هم همینطور شد و پذیرفتند. البته بهتر است این گونه مسائل را از خود آقایان بپرسید. من مایل نیستم در چنین مواردی وارد شوم.» (بی پرده با هاشمی رفسنجانی،صفحه111)
و این چنین، فصلی دیگر رقم خورد از کتاب سرگذشت عده ای که ولایت فقیه را فقط تا وقتی می خواستند که برآورنده تمایلات آنان باشد و همچنین برگ درخشان دیگری افزوده شد بر کتاب عمل کسانی که گرچه تحت تهمت «عدم پیروی از ولایت فقیه» بودند، ولی به یک اشاره ولی امر، تمام تمایلات خود را زیر پا گذاشتند و به فرامین ولی گردن نهادند. آری، به درستی که «تاریخ روشنگر نسل های آینده است.» (صحیفه امام، جلد 3، صفحه 434)