مسجد جامع توکیو که کار ساخت آن پس از تخریب اولیه در سال 2000 به پایان رسید و یکی از مراکز شناخت اسلام برای غیرمسلمانان ژاپنی به شمار می‌رود با معماری چشم نواز دوره عثمانی ظرفیت 2 هزار نمازگزار را دارد.
طرح ساخت مسجد توکیو سال 1908 مطرح شد و در نهایت در سال 1938 با حمایت مالی یک گروه اقتصادی و مالی بزرگ در ژاپن تکمیل شد.
امامت این مسجد را ابتدا عبدالرشید ابراهیم برعهده داشت و پس از آن امامت این مسجد به عبدالهادی قربانعلی واگذار شد. به جز شیخ ابراهیم سوادا ، امام مرکز اسلامی اهل البیت هیچ امام جماعت ژاپنی در این کشور فعال نیست.
این مسجد در سال 1986 به علت فرسایش ساختمان تخریب شد و زمین آن در اختیار ترکیه قرار گرفت. رئیس وقت سازمان دیانت ترکیه این مسجد را بنا کرد که کار ساخت آن در سال 1998 آغاز و در سال 2000 خاتمه یافت.
کار ساخت این مسجد از سوی شرکت تعاونی کاجیما و تزئینات هنری آن توسط اساتید و هنرمندان ترکیه انجام شده است. معماری این مسجد برعهده محرم هیلمی سنالپ بود. روی در ورودی این مسجد و مرکز فرهنگی یک سنگ مرمرین قرار گرفته و روی آن تاریخ ساخت این مسجد که سال 1420 هجری قمری بوده حک شده است.
سبک معماری این مسجد و مرکز فرهنگی در توکیو ژاپن به سبک معماری کلاسیک دوره عثمانی است که در دوران اوج تمدن اسلامی مشاهده می‌شده است.
مسجد توکیو ظرفیت 2 هزار نفری دارد و شبستان اصلی از شبستان ویژه بانوان جدا شده است. گنبد این مسجد دارای 23 متر ارتفاع است و ارتفاع مناره‌های آن به 41 متر می‌رسد.
مسجد جامع توکیو که گاهی به علت منطقه‌ای که در آن واقع شده از آن با عنوان مسجد یویوگی نیز یاد می‌کنند دربرگیرنده شبستان اصلی، کتابخانه، سالن نمایش، اتاقهای کنفرانس، اتاق کنترل و همچنین محل اقامت امام مسجد است.
این مسجد یکی از اماکن یادگیری درباره دین اسلام در ژاپن تلقی می‌شود و بسیاری از مردم ژاپن هر روز برای مطرح کردن پرسشهای خود درباره دین اسلام و شناخت این دین آسمانی به این مسجد مراجعه می‌کنند.