وی ادامه داد: اینکه از چند ماه قبل از انتخابات عده ای گفتند نظر رهبری روی احمدی‌نژاد است، این یکی از زمینه‌های فتنه شد و باعث شد جامعه دو قطبی شود. نحوه اعلام نتیجه انتخابات، شبهه تقلب را تقویت کرد، اینکه آقای موسوی خود را برنده بداند باعث تشدید ماجرا شد و اینکه طرفداران احمدی‌نژاد جشن پیروزی بگیرند و بعد از آن راهپیمایی‌ها شروع شود، اختلافات را شعله‌ور کرد. برخورد شدید و خشونت آمیزی که با معترضان شد اینها به نظرم از عوامل گسترش این موضوع بود و الا اگر ما خوب مدیریت می‌کردیم، این مسئله آنچنان هم مهم نبود. اگر متخلفان دو طرف قضیه محاکمه می‌شدند و سهم و نقش آقای احمدی‌نژاد، احیانا شورای نگهبان و سپاه و بسیج در زمینه دخالت در انتخابات مشخص می شد همه را با هم می دیدیم اوضاع این‌گونه نبود.

 مطهری با اشاره به برگزاری انتخابات ریاست‌جمهوری اخیر گفت: در انتخابات 92 انتخابات آسیب شناسی شد؛ رهبر انقلاب گفتند نظرم را حتی فرزندانم نمی دانند چون ایشان متوجه شدند در سال88 این داستان که عده ای گفتند نظر آقا بر فلانی است این یکی از ریشه های فتنه بوده است. ایشان در دفعه آخر به تندی به سپاه گفتند حق دخالت در انتخابات را ندارید. این معلوم می شود که  کاستی‌هایی که در انتخابات88 وجود داشت برطرف شد. به هر حال این داستان باید جمع شود و این به صلاح مردم و انقلاب نیست. آنهایی که بر طبل تفرقه می کوبند که سران معترضان سال88 باید اعدام شود اینها را من نمی پسندم. بله آنها هم خطا کردند. باید کاری کنیم که ادامه پیدا نکند و وحدت و همدلی در جامعه پیدا شود.

 مطهری در پاسخ به ابراز احساسات یک دانشجو مبنی بر اینکه شما تریبون زبان زخمی ما باشید گفت: به فکر آینده ما باشید و کمپوت برای ما بیاورید!

 نماینده تهران در مجلس شورای اسلامی درباره اینکه سخنان اخیر آقای روحانی درباره توبه حر ناظر به موسوی و کروبی بوده است گفت: آقای روحانی اشاره به فتنه نکردند ولی گفتند ما باید سعه صدر داشته باشیم و به عنوان نمونه داستان حر را مطرح کردند اما منتقدان آن را به داستان فتنه وصل کردند و الا اصل حرف آقای روحانی درست است که ما نباید سخت گیری بی جا کنیم و اصل بر برائت است و نه اینکه اصل بر فتنه گری است مگر اینکه خلافش ثابت شود.

 وی درپاسخ به سوالی که رهبری در اکثر دیدارها از فتنه 88 یاد می کنند آیا این موضوع خیلی مهمی نیست و قابل گذشت است گفت: ما در این باره قاضی نیستیم و برای حل موضوع تلاش می‌کنیم و باید اجازه صحبت به همه داده شود. در مسائل سال88، در روز رأی‌گیری دستگیری اعضای ستادها، قطع اینترنت، قطع پیامک‌ها و عدم اجازه ورود ناظران(حالا راست یا دروغ) حرف‌هایی است که طرف مقابل باید بشنود و پاسخ دهد. مردم باید بشنوند و اگر لازم است متخلفان محاکمه شوند و حکم قانونی برای آنها صادر شود؛ و روال قانونی طی شود و وکیل بگیرند و حرف بزنند. آن موقع می شود گفت روال قانونی است و همه تابعند. این بهتر از آن است که عده‌ای را بدون حکم قضایی زندانی کنند و غربی‌ها برای ما مشکل‌ساز شوند و بگویند که ما حقوق بشر را رعایت نمی‌کنیم؛ نظرم این است که این قضیه زودتر حل شود . اگر کسی در این حال از دنیا برود، غده چرکینی است باقی بر جمهوری اسلامی که برای ادامه انقلاب مناسب نیست.

 مطهری در پاسخ به اینکه چرا در امور مربوط به مجلس خبرگان دخالت می‌کند، گفت: من شهروند معمولی هستم و هرکس حق اظهارنظر دارد؛ ما افراد مافوق انتقاد نداریم. این جمله شهید مطهری است که هرمقام غیرمعصومی اگر در جایگاه غیرقابل انتقاد قرار بگیرد هم خودش فاسد می شود و هم جامعه را در معرض فساد قرار می دهد.  اینکه فکر کنیم خبرگان مجتهدانی هستند که کسی حق ندارد در مسائل‌شان دخالت کند این حرف بی اساس و بی ربطی است، وظیفه مجلس خبرگان نظارت بر عملکرد رهبری و زیرمجموعه‌های رهبری است، این در حالی است که مجلس خبرگان وارد هر موضوعی غیر از وظایف خود می‌شود. خبرگان رهبری کارشان نباید فقط انتخاب رهبر باشد بلکه باید تحقیق و تفحص و بازرسی کنند.

 وی در واکنش یکی از دانشجویان مبنی بر اینکه رهبری برای شنیدن حرف کاندیداهای معترض جلسه مفصل گذاشته اند گفت:  جلسه خصوصی فایده ندارد و باید در صداوسیما حرف بزنند و با مردم سخن بگویند.

 عضو کمیسیون فرهنگی مجلس اضافه کرد: راجع به رفع حصر، نظر رهبری به حصر است و می‌گویند جرم این‌ها سنگین است و اگر محاکمه شوند حکم‌شان سنگین می‌شود و تاکنون با آنان ملاطفت شده است. این بحث نظر شخصی ایشان است و نه یک حکم حکومتی. اما در اینجا که راه قانونی داریم و قوه قضائیه باید کار خودش را انجام بدهد و نمی دهد، این جا جای حکم حکومتی نیست. پیغمبر اسلام هم نمی تواند بگوید حکم فلانی سنگین است و بدون شنیدن دفاعیت آنها حکم صادر کند. این نشان می دهد موضوع حصر نظر شخصی ایشان است و من از صحبت های ایشان قانع نشدم. بازهم اصرار دارم که حصر بدون محاکمه ظلم است و عادلانه نیست ولی اگر دادگاهی برگزار شود به حکم آن تمکین می کنم.

 نماینده مردم تهران در پاسخ به سوالی درباره اشکال جشن گرفتن کاندیدای پیروز در انتخابات88 گفت: جشن گرفتن احمدی‌نژاد پس از انتخابات آن سال و اینکه ایشان در جشن شرکت کردند و شال سبز به گردن خود انداختند، چیزی جز تحریک معترضان نیست؟ پیروز انتخابات نباید خودش را ظاهر و طرف مقابل را تحریک کند. موضوع نتیجه انتخابات باید به شورای نگهبان موکول می‌شد تا اوضاع آرام شود.

 وی در خصوص سوال یک دانشجوی بسیجی پیرامون وضعیت اردشیر امیر ارجمند(مشاور موسوی) گفت: من نمی دانم کجاست اما اگر الان ایران می‌بود سرش را بریده بودید.(کف زدن حاضران)

 مطهری ادامه داد: رهبری از نظر خودشان در مورد حصر موسوی و کروبی، دارند مطابق عدالت رفتار می کنند و بنده نمی گویم ایشان عالما و عامدا دارند بی عدالتی می کنند بلکه ایشان می گویند ما داریم لطف می کنیم ولی از نظر من این کار عادلانه نیست و در این موضوع نظر ایشان را قبول ندارم. رهبر معصوم که نیست. مثلا درباره امام وقتی که فرماندهی کل قوا را به بنی صدر دادند، درست بود؟ من می گویم اشتباه بود. وجود ولایت فقیه هیچ تکلیفی را از ما ساقط نمی‌کند. اگر نظر ما مخالف ولایت فقیه است، این دلیلی بر قبول نداشتن ایشان نیست. ما ولایت فقیه را قبول داریم.

 مطهری تاکید کرد: ما اعتراضمان به قوه قضائیه است. چرا کوتاهی می کنید و پای رهبری را وسط می کشید. وظیفه شماست که آنهایی را که باید محاکمه بشوند محاکمه کنید.

 وی درباره سوالی در خصوص مشابهت های انقلاب های رنگین در کشورهای دیگر با حوادث سال 88 گفت: اولا مشابهت کامل نداشته است و بعد هم صرف اینکه دو حادثه شبیه هم باشند، از همه جهات شبیه هم اند، دلیلی ندارد. این مسئله طبیعی بود. اتفاقات انتخابات 88 باید درس عبرتی برای ایران باشد، جمهوری اسلامی تجربه کافی برای مقابله با این اعتراضات نداشت و غافلگیر شد و اشتباهاتی صورت گرفت و عده‌ای که می‌دیدند انقلاب در خطر است، مردم را به شدت مورد و باتوم شیلنگ و... مورد هجمه قرار دادند.

 مطهری درخصوص سوالی پیرامون عاشورای 88 گفت: مسئله را به اینجا کشاندند واقعیتش هم روشن نیست. ظرف مقابل می گوید افرادی که عکس امام را پاره کردند و به بسیج حمله بردند، از خودشان بودند. آن طرف هم باید حرف بزنند. اینکه می گویند اینها همه کار اسرائیل و... بوده است مگر می شود این چنین چیزی؟

  این سخنان در حالی مطرح می شود که بارها بر رد این سخنان تکراری و سیاسی کارانه علی مطهری پاسخ‌های مختلفی ابراز شده است و علاوه بر اعتراف صریح مجرمان اغتشاشات میدانی سال 88، اسناد غیرقابل انکاری از دخالت دستگاه های اطلاعاتی و رسانه‌های بیگانه در فتنه 88 موجود بوده که بخشی از آن تاکنون رسانه ای شده است.

 چندی پیش مطهری خبر از دیدار خود با رهبر انقلاب داد که با پاسخ قابل تامل ایشان همراه بود. مقام معظم رهبری در پاسخ به سخنان علی مطهری گفته بودند: «من قبلا درباره بصیرت صحبت کرده‌ام و این که نباید راه شهدا و راه انقلاب را گم کنیم. جرم این‌ها بزرگ است و اگر امام(ره) بودند شدیدتر برخورد می‌کردند. اگر اینها محاکمه شوند حکمشان خیلی سنگین خواهد بود و قطعا شما راضی نخواهید بود.»

 قابل ذکر است حصر سران فتنه88 در حوزه اختیارات شورای‌عالی امنیت ملی بوده است که ریاست آن را رئیس جمهور  بر عهده دارد.